参见：移动操作系统和移动软件分发平台列表
和电脑软件一样，移动应用程序也需要在适当的操作系统中方可运行，目前比较主流的移动操作系统有Google领衔开发的Android，苹果公司开发的iOS和iPadOS。Java平台和诺基亚开发的Symbian曾经一度非常流行，但现已被淘汰。
若想安装移动应用程序，用户可以自行搜索该程序的安装包，将其下载至移动设备中进行安装，除了苹果公司开发的系统外，大部分移动操作系统都支持该方式。而现在较为流行的安装方式则是使用移动设备连接到移动软件应用程序商店下载使用移动软件应用程序，移动软件应用程序商店除了可透过网页浏览器如一般的网络商店般浏览与交易外，通常亦制作有专属的app，让用户能一键进入，界面也较网页更方便，除了提供app下载业务，应用商店也可以对已安装的程序进行管理，执行更新、卸载等操作。首先采用此商业模型的厂商是美国苹果公司针对其移动设备iPhone、iPad经营的App Store，之后Google也随其移动操作系统Android一同推出自行经营的app商店Google Play。App Store以及Google Play是目前营收和下载量的前两大app商店，其他应用商店有微软公司的Microsoft Store、黑莓公司的黑莓世界、亚马逊公司的Amazon Appstore、三星电子的三星Galaxy Store，诺基亚等厂商也有自己的应用商店，由于Google退出了中国大陆，中国大陆境内销售的Android设备通常配有设备厂商自行搭建的应用商店。
出于安全原因，操作系统开发者和设备制造商通常对移动设备进行权限管理，限制用户通过特定方式安装某些程序，如果用户确有需要，则可以通过root或越狱等手段破解设备获得超级用户权限，以便绕开限制来安装程序。